Toby telah hampir 30 tahun mempelajari tentang ekologi politik pada pembangunan dan konservasi Amazon, serta lebih spesifik lagi, tentang evolusi permukiman petani kecil, penggunaan lahan, dan pengelolaan sumber daya. Dalam bidang yang luas ini, pekerjaannya berfokus pada upaya di tingkat akar rumput, pengelolaan berbasis komunitas untuk sumber daya perikanan di dataran banjir dan hutan di perbukitan, serta integrasi berbagai inisiatif pengelolaan informal ini ke dalam kebijakan resmi dan pengaturan kelembagaan untuk pengelolaan bersama sumber daya alam. Selama sebagian besar masa tersebut, dia pun menjadi dosen di Núcleo de Altos Estudos Amazônicos (NAEA), Federal University of Pará, dan baru-baru ini menjadi dosen di Graduate Program in Society, Nature and Development of the Federal University of Western Pará (UFOPA), sebagai pengajar tentang ekologi politik pada pembangunan dan konservasi Amazon.