Toby ha trabajado a lo largo de casi 30 años en la ecología política del desarrollo y conservación de la Amazonía, específicamente en la evolución de los asentamientos de pequeños agricultores, el uso del suelo y el manejo de los recursos naturales. Dentro de este campo, su trabajo se ha enfocado en los movimientos sociales, el manejo comunitario de pesquerías en várzeas y de bosques en tierras altas y en la incorporación de dichas iniciativas de manejo informal en arreglos formales de política e institucionales para el manejo conjunto de los recursos naturales. Gran parte de este tiempo ha sido profesor en el Núcleo de Altos Estudos Amazônicos (NAEA) de la Universidad Federal de Pará y más recientemente en el Programa de Posgrado de Sociedad, Naturaleza y Desarrollo de la Universidad Federal de Pará Occidental (UFOPA), donde imparte la cátedra sobre la ecología política del desarrollo y la conservación amazónicos.